El truco está en hacer reaccionar células (bacterias, algas, etc) del agua vieja con el cloro libre del agua potable produciendo oxidación... Al agua nueva le agregas alrededor de un 10% de agua vieja, la dejas reaccionar unos minutos y obtienes reducción del dañino cloro libre... Es el mismo principio que opera cuando se sugiere hacer los cambios de agua muy lentamente, donde la oxidación-reducción se llevará a cabo dentro del acuario, pero yo la prefiero fuera... Aún así, esta técnica no resolvería del todo el problema porque no se haría cargo de las cloraminas..; otra forma de cloro-cloración, hoy por hoy cada vez más utilizada...
Está claro las implicancias del cloro sobre los organismos. El cloro (del agua potable) no matará organismos superiores, pero sin duda que puede dañar organismos inferiores (células, bacterias, membranas, órganos, etc). Por ello y personalmente prefiero el uso de acondicionador (sobre todo para grandes cambios de agua y gambarios) dejando esta técnica como último recurso.
P.S. Sí, el cloro puede dañar a las bacterias nitrificantes.